Fjordmuseet ligg ved Kaupanger ferjekai. og vart opna i 1990 av dåverande kronprins Harald. Då var ferjekaien i Kaupanger eit stort trafikknutepunkt, og museet låg sentralt plassert. Etter at ferjesambandet Manheller – Fodnes vart etablert i 1995, vart museet liggjande meir avsides, sjølv om mange turistar tek ferja frå Kaupanger til Gudvangen.
Ved fjorden i Amlabukti har museet ein stor eigedom, med om lag 200 meter strandline, ein stor utstillingsbygning i tre høgder, og ei gamal skjenkestove frå Glavær i Gulen. I tillegg til desse bygningane eig museet den gamle bensinstasjonen i Kaupanger. Her det også ein kai som kan ta i mot relativt store båtar. Museet har gitt Indre Sogn Kystlag base på museumsområdet, og dei har sett opp eit grindbygd naust, og laga ei flott brygge på fundamentet som ein gong bar eit saghus som høyrde til det nedlagde Kaupanger sagbruk og høvleri. I dette området skal museet også gjenreisa eit tømra naust frå Leikanger, som no ligg lagra.
Dei gamle folkemusea har – med rette - vorte skulda for berre å syna fram den norske bonden og bondenæringa – som var symbolet på det norske i nasjonsbygginga. Denne kritikken råkar ikkje De Heibergske Samlinger, for grunnleggjaren av museet, Gert Falch Heiberg kjende betydinga av fjorden og av dei reiskapane og gjenstandane som høyrde til fjordkulturen. Slike gjenstandar samla han inn frå første stund. I den store utstillingsbygningen han fekk bygd i Amla og som vart opna i 1934, var båthallen sjølve kjernen. Her var ei eineståande samling av bruksbåtar frå Sogn, saman med fiskereiskap, reiskap for båtbygging og anna med tilknyting til fjorden, ferdsla på fjorden og fisket i fjorden.
Det var ikkje rom for desse store gjenstandane då museet flytte frå Amla til det nye store utstillingsbygget på Vestreim i 1980, men det var planen at det skulle byggjast eit andre byggesteg på Vestreim, som skulle fyllast med båtar, og alle dei andre gjenstandane som var knytte til fjorden. Men nokre år etter, vart ein forholdsvis ny eldfast sagbruksbygning disponibel, like ved fjorden i Amlabukti. Museet sikra seg bygningen, ved at Sogn og Fjordane fylkeskommune kjøpte han, og fekk økonomisk hjelp av sognekommunane og Norsk Kulturfond til ombygginga. Museet la i tillegg både eigenkapital og ein formidabel eigeninnsats inn i oppbygginga av det nye museet.
Utstillinga var tenkt i to delar: Ei naturhistorisk utstilling som skulle omfatta emne som geologi, planteliv og dyreliv i sjø og på land. Vidare tenkte ein seg ei kulturhistorisk utstilling som skulle syna korleis ein har utnytta ressursane opp gjennom tidene. ”Stikkord her kan vera fangst og fiske, jord- og skogbruk, bergverksdrift, utbygging av fossekraft, oppbygging av industri, handel og samferdsel.”
Dette var omfattande og ambisiøse planar. Truleg hadde ein undervurdert kor mykje gjenstandar museet hadde, som var knytt til båtar, fiske, og ferdsle på fjorden. I alle fall måtte desse tidlege planane revurderast undervegs.
Bygningen var ikkje større enn at han vart fylt av dei gjenstandane i museet som beinveges hadde tilknyting til fjorden. Dette var først og fremst båtar, reiskap for båtbygging og alle slags fiskereiskap.
Opphavleg fekk museet også eit namn som spegla tyngdepunktet i samlinga: Det vart bestemt at den nye avdelinga i museet skulle heita Sognefjord Båtmuseum. Dette namnet kom det rett nok ikkje til å ha så lenge, for ein fann ut at namnet vart litt for snevert i forhold til alt det materialet som museet inneheldt. I 1994 vart det difor bestemt at museet skulle heita Sogn Fjordmuseum.
I dei seinare åra har fjordane fått auka merksemd både lokalt, nasjonalt og internasjonalt. Verdsarvstatusen til Nærøyfjorden og etableringa av Nærøyfjorden verdsarvpark; det sterke fokuset på fjordane som verdas fremste reisemål, fjordsymjefestivalar og meir til, har fått oss til betre å skjøna – og verdsetja – den eineståande kulturarven som er knytt til fjorden.
Sogn Fjordmuseum er den beste staden å starta om ein skal få djupare forståing for kva fjorden har betydd for busetnad og levemåte i Sogn.